¿Necesito un visado de tránsito por Ámsterdam para ir a Costa Rica?

Normalmente ( pero no siempre ), no necesitas visado de tránsito si no piensas entrar en el país por el que transitas (siempre que el aeropuerto por el que vuelas te permita permanecer "en el aire", lo que no ocurre, por ejemplo, en ningún aeropuerto de Estados Unidos).

Como ciudadano filipino, no necesita un visado para transitar por el aeropuerto de Ámsterdam.

Algunas nacionalidades necesitan visados de tránsito incluso para el tránsito aéreo, sin entrar en el país. Por ejemplo, como ciudadano filipino necesitarías uno para transitar por un aeropuerto francés, como mencionó Chris H en los comentarios.

También necesitaría un visado si tiene dos tránsitos en la zona Schengen, por ejemplo Manila-> Ámsterdam-> París-> Costa Rica. Como estarías entrando en la zona Schengen propiamente dicha, esto también se aplicaría para las personas con ciudadanía que no necesitan visado para un solo tránsito, ya que para los que necesitan un visado de tránsito de todos modos tienen que solicitarlo en caso de que vayan a transitar por la zona schengen y depende de la nacionalidad y el estado schengen por el que vayas a transitar. Comprueba esto enlace para ver si su nacionalidad necesita un visado de tránsito para los Países Bajos.

Respuesta de thabetmw ya responde a la parte de Schengen/Amsterdam, así que para la rama de Panamá de su escala, según esta fuente (español) no necesita visado siempre que no tenga que pasar por Inmigración y tenga un vuelo en la misma compañía aérea. Esto se aplica a cualquier nacionalidad.