¿Puedo utilizar otros países Schengen como primer puerto de entrada y último puerto de salida utilizando el visado de tipo D?

Por experiencia personal como viajero: sí, se puede entrar en el espacio Schengen con un visado D a través de otro país Schengen, no tiene por qué ser el país que emitió el visado.

IANAL, pero el Reglamento (CE) nº 562/2006 y una enmienda posterior en el Reglamento (UE) nº 265/2010 parecen indicar que tienen que dejarle transitar hasta su país de destino incluso en ausencia de algunos requisitos:

a) los nacionales de terceros países que no cumplan todas las condiciones* establecidas en el apartado 1, pero que sean titulares de un permiso de residencia, de un visado de larga duración o de un visado de regreso expedido por uno de los Estados miembros o, en su caso, de un permiso de residencia o de un visado de larga duración y de un visado de regreso, serán autorizados a entrar en el territorio de los demás Estados miembros a efectos de tránsito para llegar al territorio del Estado miembro que haya expedido el permiso de residencia, el visado de larga duración o el visado de regreso, a menos que sus nombres figuren en la lista nacional de no admisibles del Estado miembro cuyas fronteras exteriores pretendan cruzar y la descripción vaya acompañada de instrucciones de denegación de entrada o de tránsito

* - tener un pasaporte válido, un visado y una justificación para cruzar la frontera