Según la respuesta de Michael Hampton, se puede transitar por la zona de operaciones de Haneda hasta 72 horas sin necesidad de visado.
Además, las actuales restricciones de entrada de Covid-19 sólo afectan a la entrada, no al tránsito.
Por lo tanto, si su viaje es en una sola reserva, está bien.
De TIMATIC:
Se requiere visado, excepto para los pasajeros que transiten por Tokio (HND) u Osaka (KIX) con un billete confirmado para un vuelo a un tercer país en un plazo de 72 horas. Deben permanecer en la zona de tránsito internacional del aeropuerto y disponer de los documentos necesarios para el siguiente destino.
y
Pasajeros que han estado en Andorra, Austria, Bélgica, Dinamarca, Estonia, Francia, Alemania, Islandia, Irán, Irlanda (Rep.), Italia, Liechtenstein, Luxemburgo, Malta, Mónaco, Países Bajos, Noruega, Portugal, San Marino, Eslovenia, España, Suecia, Suiza o Ciudad del Vaticano (Santa Sede) en el pasado 14 días no están autorizados a entrar en Japón.
(aún no han añadido los Estados Unidos)
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¿Cuál es su ciudadanía? Pregunta relacionada travel.stackexchange.com/questions/129747/
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ciudadano filipino.