Cuando reservé el billete, introduje mi número de pasaporte japonés y, por lo que he leído en este foro, la compañía aérea notifica entonces a inmigración que he salido del país. Pero como nunca entré en Canadá con el pasaporte japonés, ¿esto causa algún problema?
El pasaporte que utilice al reservar el billete no es especialmente importante. El pasaporte que importa es el que se utiliza al facturar el vuelo de salida. En este caso será el mismo pasaporte, por supuesto (el japonés).
No debería causar ningún problema. Es probable que Canadá no pueda encontrar un registro de entrada que coincida con su registro de salida, pero eso es un fallo de sus sistemas de registro para tener en cuenta a los ciudadanos con doble nacionalidad. No has hecho nada malo.
¿Cómo debo reservar un vuelo de vuelta a Canadá?
Con su pasaporte canadiense, por supuesto. No puedes usar tu pasaporte japonés para volar a Canadá, porque necesitarías un visado o una autorización eTA, y no puedes conseguir ninguna de esas cosas porque eres ciudadano canadiense.
No es necesario que utilice el mismo pasaporte para entrar en Canadá que el que utilizó por última vez para salir. Es muy poco probable que le pregunten por su historial de viajes aparentemente desigual (aunque supongo que la probabilidad puede aumentar a medida que los sistemas de registro y conciliación de los registros de entrada y salida sean más completos). Si alguien hace pregunte, puede decirles simplemente que utilizó su pasaporte japonés para facturar su vuelo porque volaba a Japón.