¿Se puede reservar un vuelo del lugar A al C, con una conexión B que está en la dirección opuesta?

Sí, y se hace a menudo. No a menudo tan extrema como en su caso, pero es posible, y creo que he visto esto pocas veces en las preguntas en este sitio (la gente que lo hizo, no como duplicado de su pregunta)

Air France (como ejemplo, como en su pregunta) tiene un hub en París. Si quieren tenerle como pasajero, deben permitir esas tarifas. Y el equipaje será transferido, sin necesidad de pasar por la aduana. A veces te exigen que lo recojas y lo envíes en el mostrador de transferencia (sólo para control extra, y te piden algunas cosas): la condición del equipaje podría ser diferente. Pero rara vez (AFAIK no en París, no con la misma aerolínea).

A menudo se hace en dirección contraria (dentro de un continente), pero también del sur de África al sur de América: a menudo conviene pasar de Europa.

En cualquier caso, yo también comprobaría un billete multiciudad: sales de una ciudad (en la India), y vuelves a una nueva ciudad (en Japón), y sólo haces una escala en París (quizá puedas quedarte unos días, "gratis"). Esto se hace mucho tiempo (piensa en los viajeros de negocios, así que tal vez sólo unas pocas horas en el aeropuerto de "destino").

Esto es muy frecuente en Canadá. Hay un número limitado de destinos internacionales desde Halifax, Nueva Escocia (YHZ). Sin embargo, con la excepción de Terranova, es la ciudad más oriental de Canadá. Por lo tanto, si quiere volar hacia el este desde Halifax, deberá volar oeste a una ciudad más grande, como Montreal o Toronto, y luego a su siguiente destino, como París o Londres.

Por ejemplo, hay vuelos como el YHZ-YYZ-LHR, que está a 1300 km en la dirección equivocada para tomar lo que sería un vuelo directo de 4600 km de Halifax a Londres.

Para tu ejemplo concreto, probablemente no, a menos que reserves tú mismo los tramos individuales, simplemente porque está muy lejos y es muy poco probable que no haya un aeropuerto más cercano con vuelos a Tokio al que puedas volar primero.

Sin embargo, en general, no es muy raro salirse del camino para llegar a algún sitio. Volé a Atenas, Grecia (ATH), por motivos de trabajo, la primera semana de enero de este año, desde Dayton, Ohio (DAY). Tanto el itinerario de ida como el de vuelta me llevaron a través de O'Hare, en Chicago (ORD), y los tramos transatlánticos del vuelo se originaron y llegaron allí, respectivamente, y ese tramo está desviado unos 90 grados de lo que sería un vuelo directo a Europa (incluso más si se considera directo a Atenas, pero Atenas es lo suficientemente pequeña y está lo suficientemente al este como para pasar primero por otros lugares de Europa si se vuela desde Estados Unidos). De hecho, un porcentaje importante de las rutas a Europa desde Dayton (independientemente del lugar de Europa al que se vaya) pasan por Chicago o Atlanta (que está aún más lejos).

El caso más común es el de los vuelos de larga distancia que entran o salen de aeropuertos más pequeños, la norma es volar un tramo corto a un aeropuerto más grande cercano, y luego volar desde allí a donde se va (o a otro aeropuerto más grande cercano antes de volar a su destino final). Sin embargo, lo normal es que esas conexiones con aeropuertos más grandes no duren más de unas pocas horas, a menos que vayan en la dirección deseada (por ejemplo, antes de la pandemia estaba pensando en ir de vacaciones a Brisbane, Australia, este verano, y eso habría supuesto dos vuelos largos, uno para llegar a un centro de operaciones en el sur de California, y luego el tramo transpacífico hasta Brisbane desde allí).

El año pasado descubrí que esto ocurre incluso cuando no lo esperas.

Tenía programado un vuelo de Phoenix a Oakland. Llegué antes de lo previsto y me ofrecieron un vuelo anterior.

Para mi sorpresa, hubo una parada en Portland...