Para dar respuesta a esta pregunta, tengo un buen amigo en Malta que vive en La Valeta y tiene un piso de vacaciones en Birzebbugia. Le planteé la pregunta exactamente como la has hecho tú.
Es de suponer que por "ciudad" y "puerto" te refieres a La Valeta. No se puede confiar en caminar por la ciudad para encontrar habitaciones libres. Puede que tengas suerte o no, pero en La Valeta las probabilidades están en tu contra. En las demás ciudades, es posible que necesites un buen conocimiento del maltés para leer los carteles de los pequeños alojamientos de tipo B&B.
El lado positivo es que, si un propietario te acepta, el resto de Malta ya está bien preparada con sus referencias.