¿Se enviará mi equipaje a mi destino final si reservo billetes de sector por separado?

Es discutible y podría depender del agente que esté en el mostrador.

Técnicamente, si se reservan billetes distintos (definidos por tener dos PNRs diferentes - la referencia de reserva de 6 dígitos), entonces se suelen tratar como separados para todo. No se puede facturar el equipaje, etc.

Además, si vuelas en diferentes aerolíneas con estos billetes, es muy probable que tengas que recoger el equipaje a mitad de camino.

Sin embargo, he tenido éxito en diferentes PNRs con la misma aerolínea, logrando facturarlos.

Un fallo arriesgado es que cuando estaba en el aeropuerto de Almaty y me di cuenta de que no tenía visado para salir, y mi equipaje no fue facturado hasta el siguiente, el personal de tierra pudo salir por mí, identificar mi maleta y volver a facturarla. Supongo que esta experiencia no es infrecuente, sobre todo en un aeropuerto con tanto tráfico como el de Dubai. Pero planearlo sería arriesgado.