En primer lugar, el ferrocarril transiberiano no pasa por ahí. Hay que desconectar y tomar el tren desde Nososibirsk hasta Almaty (35 horas). A partir de ahí, no hay suerte con el tren. Hay que tomar un taxi o un autobús compartido para cruzar la frontera de Almaty a Bishkek (es muy fácil, el autobús te deja en la frontera, cruzas y te encuentra al otro lado).
Desde Bishkek, como es de esperar, vas a necesitar taxis compartidos. Hay un tren que va de Bishkek al lago Issyk-Kul, pero es más lento que el autobús (lo probé: tomé el tren en un sentido y el autobús en el otro; el autobús es mucho más rápido).
Tenga en cuenta que necesitará un permiso para entrar en la zona del Pamir en Tayikistán, además de un visado.
El otro camino es bajar desde San Petersburgo a través de Volgogrado, Astracán, cruzar a Aktau/Beynou y atravesar Uzbekistán (concretamente Kungrad) en Obshi - ver la entrada de mi blog sobre esto último si te interesa. Desde allí, el tren o el taxi compartido te llevarán hasta Tashkent, donde podrás coger un taxi compartido hasta Dushanbe, luego Khorog (1-2 días) y luego Murghab.