No tengo experiencia de primera mano, pero tomar el tren parece una buena opción.
El viaje dura un poco más de 3 horas, y citando el horario de Via Rail, hay "cinco salidas todos los días laborables tanto desde Montreal como desde la Ciudad de Québec, y tres salidas los sábados y domingos".
Parece que la asignación de equipaje tampoco será un problema.
En cuanto al precio: el viaje de ida en clase económica cuesta C$85, reservado el mismo día. Pero si reservas con antelación, puedes conseguirlo por tan solo $51 con una tarifa restringida de "escape". Más detalles al hacer clic en "Comparar" en la página de reserva. [Precios actualizados para 2017.]
Editar: La opción del autobús tampoco parece mala. También tarda un poco más de 3 horas de centro a centro, y (a simple vista) cuesta alrededor de C$50 si se reserva el mismo día. [Precio de 2012.]
Una ventaja de los autobuses es que hay muchas salidas todos los días. Por ejemplo, Orléans Express, uno de los principales operadores, tiene unas 20 salidas diarias entre las 06:00 y las 23:00.
Para mí, tanto el tren como el autobús parecen opciones viables, supongo que es cuestión de gusto elegir uno.