No, no pierdes tus derechos.
Te han notificado, por lo que ahora puedes cancelar tu viaje (si el retraso hace que ya no sea útil, reembolso completo) o simplemente, ahora estás informado, por lo que puedes planificar mejor la llegada (por ejemplo, cancelar o notificar el hotel, el transporte, etc.). Me gusta mucho cuando la compañía aérea me avisa con antelación.
Si acepta, sigue teniendo derecho a una indemnización. O puedes llamar por teléfono y pedir un acuerdo alternativo (en este caso no recibirás compensación, pero puede que sí si negocias). Por teléfono, también puedes negociar una mayor compensación, tal vez el acceso a la sala VIP del aeropuerto de tránsito, si tienes una escala larga. Pero deja claro que esto es un extra a la compensación. Sé amable. Por teléfono (y por correo electrónico) sólo tienes empleados que no son responsables del retraso, y podrían convertirse en "robots" con sus respuestas, si eres agresivo. Por lo tanto, si eres amable, puedes conseguir que estén más dispuestos a ayudarte (por desgracia, esto también depende de las llamadas anteriores [no de las tuyas]).
Si no confirmas, se corre el riesgo de que piensen que no vas a viajar, por lo que tienes más probabilidades de ser uno de los pasajeros con overbooking, por lo que eventualmente pueden producirse más retrasos (pero a partir de 8,5h de retraso, no hay compensación adicional, sólo compensación por los largos retrasos), sino por la atención [hotel, comida que tienen que proporcionarte].
Así que llamaría por teléfono, y les diría que no estoy del todo contento, y pediría una forma de mejorar el viaje, pero seguiré pidiendo una compensación (pero si las ventajas extra que me dan son más valiosas).
EDIT: algo más de información
Nota: Es agosto de 2020, y usted recibió un aviso sólo 3 días antes del viaje. Así que para mí, esto es sólo una razón operativa, nada sobre la emergencia de última hora o la incertidumbre COVID. Las aerolíneas probablemente argumentarán de manera diferente, pero sólo seguir discutiendo, sólo tratan de filtrar las personas menos motivadas.
Normativa https://eur-lex.europa.eu/legal-content/EN/TXT/HTML/?uri=CELEX:32004R0261&from=EN (lo siento, el formato HTML apesta mucho).
El artículo 5 le habla del derecho a la compensación. Tiene un cambio de ruta, pero se le ha informado con menos de 7 días de antelación a la salida (y llegará más tarde de 2 horas después del vuelo reservado).
El artículo 15 se refiere a la renuncia, por lo que el mero hecho de confirmarte no supone una renuncia a nada. En realidad, deberían dejar claros tus derechos y que no renuncias a ellos (por ejemplo, con ventajas adicionales). Este no es el caso de la notificación normal de retraso.
