Es un poco abstracto pero parece difícil. En algún momento tendrás que volver a entrar en el país A, momento en el que normalmente tendrás que mostrar tu visado (u otra cosa que te dé derecho a entrar, pero si eres, por ejemplo, ciudadano del país A no necesitarías visado en primer lugar). En algunos países también hay un control policial a la salida, en el que tienes que enseñar el pasaporte y te pueden preguntar por tu situación (por ejemplo, por qué tu segundo pasaporte no tiene visado ni sello de entrada en el país A).
Por otro lado, si eres residente en el país A, no siempre tienes que entregar el pasaporte durante mucho tiempo al renovar el visado. Dependiendo del país, puedes tener una tarjeta de residencia o quizás un "recibo" de tu solicitud de renovación que te permita viajar mientras se tramita la solicitud. A veces, los visados de corta duración también funcionan así (enseñas el pasaporte al principio de la solicitud, pero lo conservas mientras se tramita y sólo lo entregas al final para que te pongan el sello o la pegatina).