¿Qué tipo de visado necesita si va en coche a un aeropuerto de otro país?

Estás confundiendo dos cuestiones totalmente diferentes: el visado que necesitas para el país de destino (en este caso Japón), y el o los visados que necesita para cualquier país en el camino (en este caso, Canadá).

Los visados japoneses se conceden en función de lo que vayas a hacer en Japón En el caso de los ciudadanos estadounidenses, el permiso de entrada es automático al llegar a los aeropuertos de Narita o Haneda, y no depende de cómo hayas llegado hasta allí, ya sea en un vuelo directo desde Canadá, en un vuelo con escala en Corea del Sur, en un viaje en coche hasta EE.UU. seguido de un vuelo, o cruzando el Pacífico en una canoa (bueno, esto último probablemente requiera más trámites). En tu caso concreto, como ciudadano estadounidense (supongo), obtendrás un permiso de entrada automático al llegar al aeropuerto de Narita o Haneda.

Por lo que sé, esto es lo mismo para más o menos todos los países del mundo, con un par de casos extremos como Tailandia, que da visados más cortos si se cruza por tierra (¡escoria mochilera barata!) que por avión (¡turista rico!), pero sigue siendo el mismo visado, sólo difiere la validez.

En cuanto al tránsito por otro país, normalmente se necesita, sorpresa, un visado de tránsito, aunque los detalles varían mucho. En el caso de Canadá, además de toda una serie de países que no necesitan visados en absoluto (incluidos los ciudadanos estadounidenses), permiten tránsito sin visado por vía aérea para los ciudadanos de varios países si van a/desde Estados Unidos. El resto tiene que solicitar un visado de tránsito pero estos son sólo válido para transitar por vía aérea y para estancias inferiores a 48 horas; si necesita un visado para Canadá y piensa llegar en coche, necesitará un "visado de residente temporal" normal, que la mayoría de los demás países llamarían visado de turista.