Lo más probable es que no. Tu contrato es con la agencia de viajes, y es una práctica habitual en el sector que ellos sean tu punto de contacto para cualquier cambio que desees hacer. Cuando la agencia dice que puedes ponerte en contacto con la aerolínea, no significa mucho más que la agencia no te impedirá ponerte en contacto con la aerolínea. No garantiza que la aerolínea esté dispuesta a gestionar su solicitud directamente.
Desde el punto de vista de una aerolínea, reducir las necesidades de personal trasladando estas solicitudes a otra parte es uno de los atractivos de tratar con las agencias de viajes. Algunas aerolíneas pueden permitir que te pongas en contacto con ellas directamente para solicitar cancelaciones o cambios, pero muchas no lo hacen o tienen límites en el tipo de cambios posibles.
Si quieres volver a intentarlo con la aerolínea, puede que tengas más suerte si te pones en contacto con ellos por teléfono en lugar de utilizar la página web. El personal puede tener un poco más de margen de maniobra que los sitios web públicos. Pero incluso en ese caso, sus posibilidades variarán en función de la política de la aerolínea y, tal vez, del estatus de viajero frecuente que tenga.
En última instancia, aceptar la posibilidad de que la agencia de viajes imponga tasas de cancelación/cambio es una contrapartida que se hace al reservar a través de una agencia de viajes.