Check-in Tardío en Hotel/Hostal
La mayoría de hostales y hoteles no les importa a qué hora haces check-in, simplemente porque tienen personal en recepción las 24 horas. Sin embargo, es buena política avisarles con antelación si planeas llegar tarde, para evitar que te consideren como un no-show y cancelen tu reserva.
En tu caso, diría que la medianoche en realidad no es un check-in tarde en sí. Así que no me preocuparía. Para estar seguro, envía un correo al hotel/hostal y pregunta.
Transporte Nocturno en París
Puedes consultar los horarios de salida de las líneas de transporte público (RER, Metro, Bus, etc) en la página web de la RATP aquí (lamentablemente la página solo está disponible en francés, pero Google Translate es tu amigo). Los horarios varían entre días laborables (lunes - jueves), días de fin de semana (viernes - sábado) y "días de descanso" (domingo).
En general, el transporte público en París nunca se detiene. Cuando el Metro/RER deja de funcionar, sus recorridos son reemplazados por autobuses nocturnos (Noctiliens), marcados con una N al inicio del número de autobús.
Tu Llegada a Bercy
Por tu comentario, asumí que estabas llegando a algún lugar perdido en medio de la nada como Beauvais. En cambio, llegar a Bercy significa que ya estás en París. La estación de Metro Bercy es atendida por la línea 14, que te lleva hacia el centro, y la línea 6 que te lleva por toda la ciudad hacia su lado oeste. Aquí están los primeros y últimos trenes desde Bercy el lunes 22/12. Así que diría que elige cualquier hostal con buenas críticas y adelante.