¿Los viajeros exentos de visado para el espacio Schengen pueden permanecer durante el periodo completo de 90 días aunque el sello de su pasaporte indique un periodo menor?

No, ese no es el propósito del sello de entrada. No hay ningún registro de su conversación inicial ni ningún sistema para seguir o hacer cumplir el propósito o la duración prevista de la estancia de los visitantes sin visado (las solicitudes de visado, en cambio, se documentan en una base de datos). Lo principal que se debe comprobar al salir del espacio Schengen es si ha superado la duración máxima de la estancia (90 días en su caso) y si hay alguna alerta sobre usted (detención, vigilancia) o sobre sus documentos de viaje (documentos robados).

Como ha explicado @phoog, no existe el concepto legal de periodo de admisión y no depende de los guardias fronterizos con los que has hablado la decisión de cuánto tiempo puedes permanecer. Por supuesto, pueden interrogarte sobre la naturaleza de tus viajes, tus recursos económicos, tus vínculos con tu país de residencia, etc., tanto al salir como al volver a entrar en el espacio Schengen. Supongo que cuanto más larga sea tu estancia, más probabilidades tendrás de atraer el interés de los guardias fronterizos, más aún si haces varias estancias largas, pero no está directamente relacionado con el cambio de opinión sobre la duración de la estancia.