Esta norma consiste en darte un derecho adicional que antes no tenías, es decir, permanecer en otros países Schengen distintos de Italia. No restringe tu derecho a estar en cualquier sitio.
Ni siquiera restringe tu derecho a estar en Francia durante un tiempo, si de alguna manera tienes derecho a ello de otra manera (por ejemplo, siendo el cónyuge de un ciudadano de la UE que reside en Francia). Sólo significa que este visado italiano no te da derecho a estar en Francia indefinidamente.
Italia puede tener normas que invalidan tu permiso de residencia si permaneces demasiado tiempo fuera del país. También podría ser necesario demostrar que no has interrumpido tus estudios y que estás progresando. No tengo ni idea de si ese es el caso en Italia o de cuáles pueden ser los detalles, pero eso no tiene nada que ver con el periodo de 90/180 y no tengo constancia de que ningún Estado europeo utilice ese umbral concreto para este fin.