¿Mi pasaporte está dañado ya que tiene estos pequeños puntos en la parte superior en las páginas en blanco el resto de los detalles están en buen estado? ¿Debo volver a emitirlo?

Muchos pasaportes tienen el número de pasaporte perforado en todas las páginas interiores del pasaporte como elemento de seguridad Permite detectar las páginas intercambiadas desde otro pasaporte (la numeración de las páginas permite detectar las páginas añadidas/eliminadas).

A veces hay dos números diferentes en un pasaporte: un folleto número (que es el número de serie de la libreta específica y se decide antes de la emisión efectiva del pasaporte) y un pasaporte número que se decide en el momento de la expedición del pasaporte (en algunos países ese número contiene el año de expedición y/o códigos que identifican el lugar de expedición). En ese caso sería el número de la libreta que se perfora, en el momento en que se imprime y se monta la propia libreta (pero todavía en blanco).

Véase, por ejemplo Pasaportes británicos introducidos en 2006 :

Numeración

9 dígitos, impresos en la página 1. Se introducen en la página de datos personales en el mismo estilo que los datos personales. El número de serie está perforado a través de las páginas 1-30 (1-46 en el libro de negocios).

(...)

Nota

(...) Los agujeros del número perforado por láser son más grandes en la parte delantera del libro y reducen su tamaño hacia la parte trasera.

(énfasis mío)

Las normas son diferentes para las versiones posteriores de los pasaportes del Reino Unido (algunos tienen la página trasera perforada también, otros tienen el número grabado en la portada, otros tienen un símbolo de verificación, etc.).