¿Cambia la política de cancelación del check-in online?

Esto depende en gran medida de las normas tarifarias de su billete específico y de las condiciones de la compañía aérea en cuestión. Es cierto que puede cancelar el billete después de facturar, pero lo que ocurra exactamente depende de los detalles. Si no cancela y no vuela, es un "no show". Algunas aerolíneas tienen normas diferentes para los "no shows" y los "cancelados". Algunas aerolíneas también cambian las reglas 24 horas antes de la salida, lo que puede o no acoplarse a la facturación.

Una vez tuve que cambiar un vuelo de vuelta y hacerlo después de facturar (para el tramo de ida) fue sustancialmente más barato que hacerlo antes de facturar. Así que puede suponer una diferencia.

Se trata de una pregunta general y la dependencia del registro de entrada a la cancelación

No hay una respuesta general. Las normas de cancelación y reembolso son notoriamente complicadas. Te aconsejo encarecidamente que leas las normas de la tarifa del billete que estás considerando.

Le pregunté a Emiratos. Me dijeron que no facturara en línea a menos que estuviera seguro de que iba a viajar. Esto significa que primero hay que estar seguro de ir y luego facturar porque la facturación puede hacerse hasta los últimos minutos.

La facturación en línea o fuera de línea impedirá al pasajero realizar cualquier cambio gratuito en su vuelo con VivaAerobus. Desde su términos y condiciones :

Dichos cambios sólo podrán realizarse hasta 4 (cuatro) horas antes de la hora prevista para el Servicio, siempre que su tarjeta de embarque no haya sido ya creada.

Esto me hizo preguntarme ¿Qué sentido tiene facturar varios días antes de un vuelo? (tldr: facturar con antelación ayuda a no perder el vuelo, ya que VivaAerobus suele hacer overbooking. Cuando perdí mi vuelo las pasadas Navidades por overbooking, el empleado de la aerolínea me lo confirmó).