¿Puedo utilizar un visado de tránsito con diferentes compañías aéreas?

Esto depende mucho de su nacionalidad. Si necesitas un visado, probablemente tendrás que obtener un visado de turista para los EAU.

Desde https://u.ae/en/information-and-services/visiting-and-exploring-the-uae/transit-visa

Sólo las compañías aéreas con sede en los EAU pueden tramitar el visado de tránsito antes del viaje. Si su viaje es a través de una agencia de viajes, la agencia también puede ayudarle a obtener el visado, pero todos los visados se tramitan a través de la compañía aérea. Los agentes de las compañías aéreas pueden solicitar en línea los visados de tránsito a través de uno de los siguientes medios:

Esto significa que la compañía aérea tiene que gestionar el visado de tránsito para usted. Sólo lo harán si llegas y sales con la misma compañía aérea. Si utilizas dos aerolíneas no afiliadas, no hay razón para que ninguna de ellas te consiga un visado de tránsito.

Ahora, según las normas de los EAU, un visado de tránsito de hasta 48 horas es gratuito, así que me pregunto si puedo utilizarlo o tendré que solicitar un visado de turista.

Tendrá que solicitar un visado de turista.

Además, ¿será necesario tener el visado si sólo quiero quedarme en el aeropuerto o puedo dejar el primer vuelo, facturar el segundo y seguir mi camino hacia B sin ningún visado?

Necesitará un visado. Aunque sea técnicamente posible hacer una autoconexión en el aire, la primera compañía aérea no te dejará embarcar sin la documentación adecuada.

Siempre puedes llamar a la primera compañía aérea y preguntar si te pueden tramitar un visado de tránsito, pero lo más probable es que se nieguen. No pueden verificar fácilmente tu vuelo de conexión y no tienen forma de saber si realmente tomarás el vuelo.