Tren de Múnich a Praga

Con dos cambios de sólo unos minutos cada uno, el riesgo de retrasos y pérdida de conexiones es probablemente mayor que el riesgo de retrasos en el tren directo. Como se indica en la primera respuesta, es probable que pueda utilizar los mismos billetes para los trenes posteriores, pero si compra billetes separados y no llega al tiempo mínimo de conexión, es posible que los ferrocarriles le denieguen esa opción.

Yo optaría por el tren directo, a menos que el tren con las conexiones sea mucho más barato y se ajuste mejor a su hora de salida. Incluso en ese caso, me decantaría por el tren directo, ya que es más cómodo viajar en él.

Esto es algo que probablemente sólo tú puedas responder, ya que conoces tus prioridades y tu capacidad para coger trenes con conexiones ajustadas. El fenómeno que describe sobre el primer tren se ha observado en la frontera germano-polaca. https://jonworth.eu/illegal-and-systematic-non-schengen-compliant-border-controls-at-frankfurt-oder-31-august-2022-every-train-controlled-every-train-delayed/ donde como ambos países están en Schengen probablemente sea ilegal. Eso no significa que no pueda ocurrir, ya que la Bundespolizei parece no darse cuenta o tal vez obedece a autoridades superiores.

Si la ruta más indirecta se puede reservar como billete sencillo, en teoría si pierde la conexión debería poder coger el siguiente tren sin recargo, pero tendría que investigar cuándo podría ser el tren.