Timatic, la base de datos utilizada por las compañías aéreas para comprobar los requisitos de documentación, dice :
Países de tránsito
Japón
Pasaporte
Advertencia:
Los pasajeros deben tener una prueba COVID-19 negativa realizada como máximo 72 horas antes de la salida del primer punto de embarque. Las pruebas aceptadas son: CLEIA/ECLIA prueba cuantitativa de antígenos, LAMP, NEAR, Next Generation Sequence, PCR, RT-PCR, Smart Amp, TMA o TRC. El certificado de la prueba debe estar en inglés y especificar que la prueba se basa en un "hisopo nasofaríngeo", o "saliva", o "hisopo nasofaríngeo y orofaríngeo". También se acepta un "hisopo nasal" si el tipo de prueba es LAMP, NEAR, PCR, RT-PCR, Smart Amp, TMA o TRC. Encontrará más información en https://www.mhlw.go.jp/stf/covid-19/border_test.html y https://www.mhlw.go.jp/content/000905811.pdf
Visa
Visado obligatorio.
TWOV (Tránsito sin visado):
Pasajeros con billete confirmado para un vuelo a un tercer país en el mismo día natural. Deben permanecer en la zona de tránsito internacional del aeropuerto y disponer de los documentos necesarios para el siguiente destino.
Pasajeros en tránsito por Tokio (HND) u Osaka (KIX) con billete confirmado para un vuelo a un tercer país en un plazo de 72 horas. Deben permanecer en la zona de tránsito internacional del aeropuerto y disponer de los documentos necesarios para el siguiente destino.
(... sigue hablando de pases de orilla, etc...)
Así pues, la norma general para los ciudadanos indios es que no necesitan visado de tránsito si permanecen en la "zona internacional del aeropuerto" (también conocida como zona de operaciones) y tienen un vuelo a un tercer país el mismo día natural.
En tránsito en HND o KIX, se amplía a 72 horas.
Así que en su caso, no, no debería necesitar un visado de tránsito.
Es posible que desee comprobar en el Centro de viajes IATA que es otra interfaz de Timatic, introduciendo las fechas y los detalles reales de su vuelo, ya que puede haber cambios de reglas en un futuro próximo que la interfaz de Emirates, por ejemplo, no tiene en cuenta.
Las normas para Japón han cambiado mucho en los últimos meses/años debido a Covid, pero se han relajado recientemente, esta puede ser la razón por la que el agente de la aerolínea está pidiendo esto. Pídeles que vuelvan a comprobar Timatic.