Es una pregunta muy amplia, así que sólo intentaré dar una respuesta general. Por supuesto, el nivel del transporte público en los países de la antigua Yugoslavia está muy por debajo del de Europa Occidental (pero eso forma parte del encanto de la región, ¿no?). La infraestructura ferroviaria está subdesarrollada y la mayoría de los trenes transfronterizos son inexistentes, ya que muchos de los enlaces transfronterizos resultaron dañados en las guerras de los 90 o se deterioraron y aún no se han reconstruido. AFAIK, las únicas conexiones transfronterizas posibles son Eslovenia - Croacia, Serbia - Kosovo, Serbia - Montenegro y Serbia - Macedonia del Norte. Ninguna de ellas es más rápida que tomar un autobús, de hecho, la mayoría son mucho más lentas. No obstante, la ruta de Belgrado (Serbia) a Bar (Montenegro) es estupenda para los aficionados al ferrocarril, ¡posiblemente la mejor de los Balcanes!
Existen autobuses interurbanos (tanto nacionales como internacionales) por todos los Balcanes, pero los horarios pueden ser escasos. Naturalmente, las conexiones en autobús serán más fáciles de encontrar cuando se desplace entre grandes ciudades (como las capitales de los países). Además, no hay un único punto de referencia, por lo que requiere cierta investigación. Puedes buscar en sitios como Wikivoyage enlaces a compañías de autobuses o sitios agregadores.
Supongo que viajar directamente entre Serbia y Kosovo es imposible o desaconsejable.
Todo lo contrario. Por ahora, la frontera está abierta y, según se informa, hay servicios regulares de autobús e incluso de tren que la cruzan varias veces al día. Sin embargo, de vez en cuando se producen bloqueos inesperados o cierres temporales de los puestos de control fronterizos.
El mayor problema es que Serbia no admite a nacionales de terceros países que entren desde Kosovo si su pasaporte lleva pruebas (sellos) de haber entrado primero en Kosovo desde fuera de Serbia (es decir, desde Albania, Montenegro o Macedonia del Norte). Los viajeros que puedan entrar en Serbia con su documento de identidad (incluido el pasaporte irlandés) no deben preocuparse, porque el documento de identidad no lleva sellos. Otra opción es ajustar el itinerario.