Es cierto, yo mismo me encontré con este dato cuando hice cola para facturar en la LCCT (Low Cost Carrier Terminal) de Kuala Lumpur (KUL) con la compañía Air Asia. No estoy seguro de si esto se aplica sólo a Air Asia o también a otras compañías aéreas en la LCCT.
No recuerdo cuánto era la "multa", pero no era desdeñosamente poco para nosotros que viajábamos con un presupuesto.
Para ser justos, al reservar con Air Asia te informan de que pueden producirse cargos adicionales durante la facturación si vuelas a través de un aeropuerto con un sistema de este tipo. Sin embargo, en esta etapa del viaje yo no era quien reservaba el billete y no había recibido esa información. Esta información se pierde fácilmente al intentar utilizar su complejo sistema de reservas.
Creo que hay otros aeropuertos en los que también aparece la misma bandera de advertencia al reservar a través del sitio web de Air Asia, pero no estoy seguro. Y la última vez que lo comprobé decía algo parecido a "...podrían producirse cargos...". Es decir, no dice explícitamente que no facturar en línea tenga un coste adicional, sino que podría tenerlo.
Por lo que veo da igual que sea nacional o internacional, si tienes que facturar se te aplica.
EDIT: Esto fue en abril de 2012.
EDIT 2: Air Asia ofrece facturación en línea a través del sitio web (impresora necesaria, creo), a través de su teléfono (smartphone con pantalla para mostrar el código de barras) y máquinas en las terminales a las que vuela. Las máquinas querrán el papel de confirmación con el código de barras que recibió en su correo electrónico. Creo que también puedes teclear el código de barras y la información de la reserva en la máquina si no la tienes impresa.