¿Pueden las compañías aéreas impedirme volar en esta compleja situación?

Mi visado D de 2 entradas es válido durante 4 meses

Tengo una cita con el SEF (servicio de inmigración y fronteras) para el permiso de residencia, 2 meses después de que empiece el visado.
Después de la cita con el SEF, tengo previsto salir del espacio Schengen y volver a Portugal la semana (preferiblemente el día) en que expira mi visado D.

En mi oficina del SEF suelen tardar 3 meses en expedir las tarjetas de residencia.

Tiempo de estancia en el espacio Schengen en los últimos 180 días a partir de la última semana del visado : Menos de 2 meses.

Voy a tener un documento A4 PT que es una prueba de la solicitud de permiso de residencia.

1) ¿Me causarían problemas los agentes aéreos o fronterizos? Mi pasaporte no es del agrado de la UE y no tiene acceso sin visado al espacio Schengen. Así que estoy un poco preocupado.

Creo que los agentes fronterizos del espacio Schengen pueden ver que solicité un permiso de residencia utilizando su sistema, pero no estoy seguro.

Hay mucha gente que está atrapada en Portugal. No pueden irse porque si se van su permiso de residencia queda inutilizado. Esto es así porque no pudieron renovar su permiso de residencia después de que expirara el que tenían. Como "solución", Portugal dio prórrogas hasta finales de 2023 para esas personas, pero eso sólo se reconoce a nivel nacional. Sé de personas que se perdieron funerales por este problema. Como cosa positiva debo mencionar que Portugal no discrimina pasaportes. El que se perdió el funeral era estadounidense. En cualquier caso, lo que quiero decir es que no debería confiar en que Portugal actualice su sistema a tiempo. Esto significa que los agentes fronterizos del espacio Schengen podrían no ver mi solicitud de residencia en su sistema porque éste se basa en los datos que introduce Portugal.

Los vuelos directos a PT son bastante escasos.

2) Aunque los agentes fronterizos estén de acuerdo, ¿puede la compañía aérea crear problemas? ¿No sabe qué hacer al respecto? Algunas compañías aéreas me pidieron billetes de ida y vuelta a pesar de que el país al que volaba no me lo pedía, y estaba exento de visado.