¿Tendré algún problema en el consulado italiano por entrar y salir del espacio Schengen desde Croacia? Italia no es mi primer puerto de entrada. He leído los documentos en los que se indica que la solicitud se presenta en "el país de estancia más larga", pero también hay muchos rumores sobre interrogatorios por parte de los funcionarios cuando no es el país de primera entrada.

Entrar y salir por Croacia no debería ser un problema. Tal y como lo has experimentado, es más probable que la duración de la estancia sea un problema, pero dado que vas a quedarte más tiempo en Italia, esto probablemente les daría motivos suficientes para tramitar tu solicitud (aunque tu interpretación original era la correcta y Croacia definitivamente debería haberlo hecho en mi opinión).

¿Debo solicitar un visado de corta duración "turismo" o "negocios" en la solicitud italiana? Técnicamente, es por negocios en otro país, pero por turismo en Italia.

No debería importar demasiado, pero dado que el viaje sigue siendo de negocios, eso es lo que yo comprobaría. Los formularios en línea suelen imponer distinciones bastante arbitrarias, pero el formulario original en papel también te permitía marcar varios fines o elegir "otros" y escribir algo como "negocios y turismo". Por supuesto, no servirá de mucho contra un tramitador de visados mal informado o un empleado obstinado del consulado, pero no se trata de categorías de visados rígidas.

Como se ha dicho en los comentarios, el requisito fundamental es ser sincero y aportar documentación sobre el motivo del viaje. Así que yo recomendaría mencionar la conferencia y presentar la documentación pertinente pase lo que pase.

Además, ¿algún otro paso que pueda dar para dar más claridad a mi solicitud y que tenga más posibilidades cuando acuda a la cita con el Consulado italiano?

Una cosa que podría hacer es escribir una carta para exponer con más detalle cuáles son sus planes, más allá de lo que se puede comunicar a través de un formulario, y adjuntarla a la solicitud (de nuevo, si hay un campo para ello en alguna parte).

Señala que Croacia se negó a tramitar la solicitud, ya que la principal preocupación debería ser si estás intentando colarte en Croacia sin darles la oportunidad de revisar tu solicitud. Dado que has presentado correctamente la solicitud en el consulado croata y este ha decidido que Croacia no era el destino principal, no debería haber nada que impidiera a Italia tramitarla ahora.