Muy fácil. Hay tours en ambas direcciones - yo fui de San Pedro a Uyuni, y también van de vuelta. Te apuntas a un tour de 2 noches, por ejemplo, y luego termina en el propio San Pedro de Atacama - y el pueblo es pequeñito, así que puedes ir andando de un lado a otro de forma muy sencilla. Yo fui con Tierra Mystica, y aparte de decir que tenían un conductor en inglés (sólo hablaba español) estuvieron bien. Eso sí, hay que tener cuidado con la altitud y beber mucha agua.
Si tu tour vuelve a Uyuni, no sé - hay maneras de ir en autobús a San Pedro pero no será a través de la parte divertida - tendrías que subir a La Paz, salir a Iquique y volver al interior de San Pedro (¿2 o 3 días?) - sería mucho, mucho más simple hacer un tour que termine en San Pedro de Atacama.
Si quieres ver lo que pasa en el tour, hice un blog sobre ello (aunque desde San Pedro a Uyuni - así que la dirección inversa para ti) - busca los posts del Salar sobre la mitad de la página de mi viaje .