Lo has entendido al revés. En la otra respuesta ya figura la validez del visado de tres meses, prorrogable otros tres meses una vez para los residentes de determinados países, incluido el Reino Unido.
Supongo que se refiere a otro requisito: el pasaporte. debe ser válido cuando tenga intención de salir del país. Es decir, si su pasaporte caduca el 1 de junio, no puede entrar en Japón el 1 de mayo y esperar quedarse tres meses enteros. se tiene que marcharse antes de que finalice la validez de su pasaporte.
Entre la duración del permiso de aterrizaje y la validez del pasaporte, el más corto la longitud cuenta.
Nota al margen: a diferencia de otros países que exigen un pasaporte válido durante 3 o 6 meses más largo antes de que finalice el periodo de validez de su visado, Japón acepta pasaportes con una validez más corta. Puede que la página web que has consultado haga hincapié en eso.