Es una situación delicada. Estás haciendo algo que no está permitido, por lo que no hay ningún proceso documentado al respecto.
Como ciudadano malasio, necesitaría un visado estadounidense, para lo que tendría que rellenar las 83 gloriosas páginas de un formulario DS-160. El formulario pregunta específicamente por otras ciudadanías. Mentir en el formulario no es una buena idea: si te pillan, te prohibirán la entrada en EE.UU. durante mucho tiempo.
Lo más probable es que su solicitud de visado sea tramitada en algún momento por EE.UU. en Malasia. Ellos sabrán que Malasia no reconoce la doble nacionalidad, pero nadie sabe si lo notificarán al gobierno malasio.
Es muy probable que te denieguen el visado de todos modos, simplemente porque no lo necesitas. Tienes pasaporte canadiense: utilízalo. "Me gusta seguir mintiendo sobre mi doble nacionalidad" no es precisamente una razón convincente para que te expidan un visado.
Es posible que pueda volar directamente sin visado. Puede utilizar su pasaporte canadiense para facturar su vuelo con la compañía aérea y utilizar su pasaporte malasio en el control de salida de inmigración. Que esto pueda dar lugar a que te descubran depende un poco de la información que compartan las compañías aéreas y el gobierno. Esto no está documentado en ninguna parte, así que estarías corriendo un riesgo. No tengo datos para evaluar la magnitud de ese riesgo. Dicho esto: utilizar pasaportes diferentes para la salida en el lugar de salida y para la entrada en el lugar de destino es un procedimiento perfectamente normal y estándar.
La opción más segura es, obviamente, volar a través de un tercer país exento de visado y cambiar allí los pasaportes.