Si toda su documentación utiliza su apellido de soltera (anterior al matrimonio), creo que ésta es la respuesta correcta. Deberías contestar con la verdad pero, por lo que dices, lo ha hecho. Si usted también dice la verdad, no veo por qué esto podría perjudicar su solicitud. Por supuesto, si necesita demostrar que está casado, sus apellidos no le ayudarán y necesitará el certificado de matrimonio, pero supongo que lo necesitará de todos modos.
La tradición aquí en el Reino Unido es que una mujer toma el apellido de su marido al casarse, pero cada vez es más común que las mujeres no lo hagan. No tengo estadísticas, pero en la muestra de mi familia (yo, un hermano y dos hermanas), soy la única que comparte apellido con su cónyuge. Muchas de mis amigas y compañeras casadas no utilizan el apellido de sus maridos. También es cada vez más común utilizar un apellido con guión y, a veces, el hombre también lo hace. No creo que a nadie (fuera de zonas remotas) le sorprenda que un matrimonio no comparta apellido. Alguien que trabaje con solicitudes de visado debe estar muy acostumbrado a esto. La única regla hoy en día sobre qué nombre esperar que use la esposa de alguien es no esperar nada.
Supongamos que Alice Smith se casa con Bill Jones. Tradicionalmente, ella cambiaría su nombre por el de Alice Jones. Sin embargo, hoy en día, podría seguir siendo Alice Smith o cambiar a Alice Smith Jones, Alice Smith-Jones, Alice Jones-Smith, o tal vez otra cosa. El hombre también podría cambiar, por ejemplo, Bill Jones-Smith.
Y esto sólo se refiere a los matrimonios heterosexuales. Por supuesto, no existe una tradición arraigada para otros casos, así que cada pareja toma su propia decisión.