Una opción si sabes con qué líneas estamos acostumbrados (a veces hay muchas opciones de A a B) es usar Wikipedia y una calculadora.
Al menos en Francia, aunque probablemente sea así en otros lugares, Wikipedia tiene una página para cada línea en la que se enumeran todas las estaciones y cruces a lo largo de la línea con la posición de cada estación y cruce en esa línea (en Francia se llama "pk", como en "point kilométrique").
Así que tomas la posición del punto en el que entraste en esa línea, la del punto en el que saliste de esa línea, restas y obtienes el número de kilómetros de esa línea. Luego sumas todos los segmentos.
En algunos casos, un viaje entero utilizará una sola línea, así que es fácil. En otros, se pueden utilizar muchas líneas diferentes, lo que supondrá un poco más de trabajo. Utilizar media docena de líneas diferentes o más no es nada raro.
En Francia, si quieres hacerte una idea aproximada, también puedes utilizar el "Atlas du réseau ferré français", que contiene un mapa detallado de toda la red ferroviaria francesa con números de línea e indicadores aproximados de distancia a lo largo de cada línea (creo que hay un marcador cada 25 km).