Puedes ingresar al Área Schengen a través de cualquier país Schengen, por lo que Francia o Suiza están bien. Durante la validez de tu visa D, también puedes pasar en cualquier momento hasta 90 días de cada 180 en otros países Schengen.
Ten en cuenta que BSL (el Aeropuerto Euro-Basilea-Mulhouse-Friburgo) en realidad está en Francia. Hay lados francés y suizo en el aeropuerto, pero al llegar desde un país no perteneciente a la UE, puedes elegir a qué lado salir (ya que tanto Suiza como Francia se encuentran ahora en Schengen, esto solo cambia las cosas por razones de aduanas, pero probablemente tenga más sentido salir en el lado francés si vas a Alemania).
También ten en cuenta que hemos tenido algunos informes de que algunos agentes de Turkish Airlines en IST creen incorrectamente que necesitas volar directamente al país que emitió la visa. Esto puede ocurrir ocasionalmente en otros lugares. Esto no es correcto, y deberías (educada pero firmemente) insistir en que comprueben en su terminal o llamen a un supervisor si te dicen eso.