Yo también tengo dos pasaportes emitidos por el mismo país (Francia) y una vez tuve un pequeño problema relacionado con esto. Estaba en Inmigración de Malasia en KLIA, y el oficial me preguntó si tenía otro pasaporte, número XXXXXX. Le dije que sí. Ella se molestó y me dijo que no debería hacer eso, y que siempre debería usar el mismo pasaporte al venir a Malasia. Se veía muy disgustada, aunque todavía no entiendo por qué.
Entonces le dije que mi otro pasaporte estaba en el consulado chino para una solicitud de visa (no recuerdo si ese era el caso o no, pero esa es realmente la razón por la cual Francia emite 2 pasaportes a las personas que lo solicitan, para que podamos hacer exactamente esto). Aún así no estaba contenta y hizo más gestos, luego dijo algo como "espera a que te devuelvan tu pasaporte antes de venir", yada yada.
Esto nunca volvió a suceder, ni en Malasia ni en ningún otro lugar, así que sospecho que tuve la "suerte" de encontrarme con una oficial muy burocrática ese día. Pero parece ser que algunos países quieren tener control sobre todo lo relacionado con tus pasaportes.
La parte sobre la doble (o más) ciudadanía a menudo está relacionada con problemas políticos: países con los que pueden estar en desacuerdo, por ejemplo. Como la India exige saber si eres paquistaní en cualquier forma. O Singapur quiere saber si fuiste malasio en algún momento, incluso si te presentas con un pasaporte estadounidense. O, por supuesto, si eres singapurense y algo más (lo cual es ilegal). Y dado que países como los tuyos y el mío que emiten 2 pasaportes son raros, creo que la expresión "2 o más pasaportes" para la mayoría de la gente significa "2 o más ciudadanías".