Has preguntado específicamente sobre el hecho de que estás conectando a través de los Estados Unidos. Como sin duda sabrás, los Estados Unidos tienen reglas específicas que difieren de la mayoría de otros países en cuanto a cómo se deben aplicar los cargos por equipaje.
Esto está cubierto en el CFR de los Estados Unidos (Código de Regulaciones Federales) como "14 CFR 399.87 Permisos de equipaje y tarifas" que establece:
Para los pasajeros cuyo origen o destino final de boleto es un punto de los EE. UU., las compañías aéreas estadounidenses y extranjeras deben aplicar las franquicias de equipaje y tarifas que se aplican al principio del itinerario de un pasajero durante todo su itinerario. En el caso de vuelos de código compartido que forman parte de un itinerario cuyo origen o destino final de boleto es un punto de los EE. UU., las compañías aéreas estadounidenses y extranjeras deben aplicar las franquicias de equipaje y tarifas de la compañía que comercializa durante todo el itinerario en la medida en que difieran de las de cualquier compañía operadora.
Dado que ambos de tus vuelos han sido comprados en un solo boleto, tu "origen y destino final de boleto" NO son puntos de los Estados Unidos, por lo tanto, esta regulación no se aplica a tu vuelo.
Es posible que el personal de check-in todavía intente seguir las regulaciones de los Estados Unidos, en cuyo caso, si te beneficia, deberías permitirles hacerlo, pero si no, deberías estar en libertad de plantearlo con ellos.