La Directiva 2015/637 no establece ninguna norma sobre a quién debes contactar y no limita la capacidad de Polonia para ayudarte de ninguna manera. Lo que hace es crear una obligación para Portugal de no rechazarte en caso de que te encuentres frente a una de las emergencias específicas enumeradas en el artículo 9 y decidas solicitar su ayuda. Presumiblemente, el consulado de Polonia en Yakarta también te ayudaría si logras contactar con ellos, pero esto no es un asunto de la ley de la UE.
Si solicitas ayuda a la embajada portuguesa, deben ponerse en contacto con el ministerio de asuntos exteriores de Polonia lo antes posible y coordinarse con ellos. Si Polonia prefiere hacerse cargo (por ejemplo, enviar a alguien desde Yakarta), pueden hacerlo y Portugal renunciaría al caso (artículo 3). Mientras tanto, están obligados a ayudarte como un "ciudadano de la UE no representado" según se define en el artículo 6.
Otra cosa que explica la aparente discrepancia es que la Directiva 2015/637 solo cubre emergencias específicas (ser arrestado, ser víctima de un crimen, accidente grave, etc.). El consulado de Polonia en Yakarta sería responsable de todo lo demás (por ejemplo, renovar tu pasaporte).
En general, tiene más sentido contactar directamente con el consulado de Polonia siempre que sea posible. La asistencia consular de la UE está diseñada para ayudar específicamente en situaciones donde eso podría ser difícil, incluida la evacuación en caso de crisis.