¿Cómo responder a la pregunta sobre tránsito en la solicitud de ESTA?

Como dice Doc, esto casi con toda seguridad no importará. El ESTA seguirá siendo válido para visitas futuras, y las visitas futuras pueden ser en tránsito o no en tránsito, independientemente de la razón de tu primera visita.

Para futuras referencia, una visita es en tránsito:

para personas que viajan en tránsito inmediato y continuo a través de los Estados Unidos en ruta hacia otro país, con pocas excepciones. El tránsito inmediato y continuo se define como una salida razonablemente rápida del viajero en el curso normal del viaje según lo permitan los elementos y asume un itinerario preestablecido sin ningún privilegio de espera no razonable.

Entrar y salir por tierra no están excluidos, y no hay un límite de tiempo real siempre y cuando estés tomando una ruta "expedita" (es decir, lo más corta posible) hacia el otro país. Llegar a LAX y conducir inmediatamente a Tijuana para cruzar a México cuenta ciertamente. Sin embargo, esto asume que conduces rápidamente hacia México, que no te detienes por un par de días para hacer turismo. Las varias horas que pasarás en los EE. UU. haciendo esto ciertamente están dentro de los límites de la definición de "tránsito". Los tiempos de espera en los aeropuertos a veces pueden implicar quedarse un par de días, y aún así se consideran tránsito.

El problema de hacer tránsito a través de los EE. UU. y luego hacer tránsito de regreso cinco semanas después no será un problema. Cuando tu amigo vuelva a entrar a los EE. UU. después de cinco semanas lo hará con la misma autorización de entrada que tenía antes, y se esperará que salga dentro de los 90 días de su entrada original. Si tu salida de los EE. UU. a México y tu reingreso desde México son registrados por inmigración de los EE. UU. entonces no "parecerá que pasaste cinco semanas en los EE. UU." y la inmigración de los EE. UU. no lo pensará de esa manera.

La respuesta correcta es Sí, pero probablemente no hará la diferencia.