La razón más común para esto es ser seleccionado para una revisión de seguridad adicional. La siguiente razón más común (por mi experiencia, al menos,) es un problema con el boleto, aunque parece que no es el caso aquí.
Existe un factor de azar en la selección para una revisión de seguridad secundaria. Un cierto porcentaje de pasajeros en muchos vuelos con destino a los EE. UU. serán seleccionados, incluyendo ciudadanos estadounidenses. (Soy ciudadano y tanto yo como otros ciudadanos estadounidenses con los que he viajado lo hemos tenido al regresar a los EE. UU.)
Aunque siempre hay una posibilidad de ser seleccionado al azar, hay algunos factores que aumentan la posibilidad de ser seleccionado. Los boletos de ida y vuelta y viajar solo (al menos ninguna otra persona en el mismo boleto) son algunas comunes. También se tiene en cuenta el historial de viajes, particularmente a países cuyos gobiernos son poco amigables con los EE. UU. o donde los grupos terroristas son más propensos a operar.
Cuando eres seleccionado para una revisión secundaria, generalmente no podrás hacer el check-in en línea y, cuando obtengas tu pase de abordar (en el aeropuerto,) tendrá "SSSS" impreso en él. Para vuelos con destino a los EE. UU., esto a menudo significa que pasarás por otra revisión de seguridad (normalmente cerca de la puerta de embarque) incluso después de pasar la seguridad normal, aunque a veces la revisión secundaria puede ocurrir en el mismo lugar que el control de seguridad normal.
Es importante tener en cuenta que, contrario a lo que sugiere otra respuesta, esto generalmente no tiene nada que ver con preocupaciones sobre si se te permite entrar al país de destino. Eso SIEMPRE será verificado por la aerolínea al abordar un vuelo internacional, de cualquier país a cualquier país (excepto casos especiales como el Área Schengen, donde un vuelo es técnicamente 'internacional', pero no hay controles de inmigración involucrados.) La selección para una revisión de seguridad secundaria es realizada por servicios de seguridad gubernamentales, quienes comunican esa decisión a las aerolíneas. La decisión no la toman las aerolíneas mismas.
En casos como este donde no puedes hacer el check-in en línea, te recomiendo encarecidamente planificar llegar al aeropuerto más temprano de lo que tenías previsto originalmente para permitir tiempo extra para la revisión secundaria.
Si sospechas que realmente puede haber algo mal con tu boleto, sin embargo (en lugar de selección para revisión secundaria,) entonces te recomendaría llamar a la aerolínea tan pronto como sea posible. Idealmente, no esperes hasta llegar al aeropuerto en este caso. En mi experiencia, los problemas más comunes aquí son cosas como cambios de vuelo, donde la aerolínea puede haberte cambiado a un vuelo diferente, pero el proceso de reemisión de boletos falló por alguna razón. En este caso, necesitas que un agente te reemplace el boleto, lo cual es definitivamente preferible hacer antes de llegar al aeropuerto. Me ha pasado algunas veces, tanto después de cambios de vuelo por la aerolínea como al aplicar certificados de mejora. El boleto no se reemitió correctamente por alguna razón, así que, cuando intenté hacer el check-in, mientras mi reserva seguía siendo válida, no tenía boleto. Esto generalmente fue resuelto bastante rápido por los agentes telefónicos, y luego pude hacer el check-in en línea.