Ya sea que pases por seguridad o no depende de si las autoridades locales "confían" en que las autoridades del aeropuerto de origen hayan hecho un buen trabajo o no (mismas reglas, buena prueba, etc.).
Si confían en ellos, entonces es posible que puedas llegar directamente a tu puerta sin pasar por seguridad (siempre que el aeropuerto esté diseñado para esto, para tu combinación específica de vuelos, algunos aeropuertos no lo permiten en absoluto, otros no lo permitirán si tienes que cambiar de terminales, entre otros).
Si no lo hacen (que es el caso más frecuente en mi opinión), entonces pasarás por seguridad antes de que te permitan entrar en la zona de salidas.
Nota que en este caso, generalmente (pero no siempre) terminarás en un punto de control de seguridad diferente utilizado solo para pasajeros en conexión, no en el punto de control principal utilizado por todos los pasajeros que salen. Por lo general, significa filas más cortas, pero no siempre.
Qué países confían en otros es una situación que cambia constantemente. A veces es aún más específico que solo pares de países (creo recordar que hay un aeropuerto en algún lugar que confía en ciertos vuelos desde Japón pero no en todos, ¡no me preguntes por qué!).
En tu caso, si realmente hubieras salido de la zona de seguridad, habrías pasado por el control de pasaportes dos veces (ingresando a Alemania y saliendo de nuevo), lo cual supongo que recordarías, así que probablemente pasaste por la seguridad de conexión.
Me alegra saber que llegaste a tiempo a tu puerta (aunque fuera por poco). Ten en cuenta que cuando las conexiones son ajustadas, a menudo hay personal en la puerta de llegada para escoltarte y posiblemente hacerte saltar las colas. Tampoco dudes en acercarte al personal en tu primer vuelo si tu conexión es ajustada y/o el vuelo se retrasa, ellos podrán comunicarse con el personal en tierra y decirte qué hacer (en algunos casos, la aerolínea simplemente decidirá de antemano que no llegarás a tiempo y te reprogramarán en el próximo vuelo).
En cualquier caso, si los dos vuelos están en el mismo boleto (no comprados por separado), entonces si te pierdes tus vuelos de conexión debido a retrasos, te reprogramarán. En rutas concurridas, eso significa un retraso de unas pocas horas como máximo.
