La visa de doble entrada fue creada exactamente para esta situación: un viaje al Reino Unido - en ese momento un miembro de la UE que no pertenecía a Schengen - en medio de un viaje al área de Schengen. Mientras que las visas de múltiples entradas se supone que se emiten a viajeros de confianza que han demostrado la necesidad de visitar el área de Schengen con frecuencia, no existe tal requisito en las regulaciones respecto a las visas de doble entrada. La visa de doble entrada es realmente un tipo especial de visa de una sola entrada emitida para un viaje específico y absolutamente la solución correcta en este caso.
Dicho esto, una cosa complicada es asegurarse de que el consulado español comprenda que la persona realmente necesita una visa que cubra la etapa de Frankfurt del viaje aunque sea solo en tránsito aéreo. Si el viajero es ciudadano cubano, entonces el oficial consular debería poder entenderlo, ya que incluso un tránsito aéreo requiere una visa tanto en Alemania como en España para que quede claro que una visa de una entrada gastada no sería suficiente. Pero si la visa solo es necesaria debido a una auto transferencia u otra razón, sería fácil pasarlo por alto. En cualquier caso, es posible que desees explicarlo todo detalladamente, por ejemplo, con una carta de presentación.
Una vez que eso esté claro, España tiene que decidir si deben emitir una visa para todo el viaje o no. Pueden emitir lo que deseen sin importar lo que hayas marcado en el formulario, pero no hay una visa de una sola entrada más un tránsito. Si quieren cubrir todo el viaje, entonces deberían emitir una visa para dos o más entradas. Si no quieren, entonces pueden emitir una visa de una sola entrada y obligar al viajero a solicitar una visa de tránsito aéreo por separado en Alemania. Pero en mi opinión, no deberían tener reparos en emitir una visa de doble entrada.