Dado que sales de un país fuera del espacio Schengen y luego todos los demás aeropuertos están dentro del Schengen, la primera parada (Viena) será ligeramente diferente de la segunda, ya que entrarás en el espacio Schengen y tendrás que pasar por el control de pasaportes en Viena, mientras que en Zúrich te estás conectando entre dos vuelos internos Schengen (así que no hay control de pasaportes allí).
Dado que todos los vuelos están en el mismo billete, deberías obtener tarjetas de embarque para todos los vuelos en Sarajevo.
En Viena, verifica los mostradores para conocer la puerta de tu próximo vuelo. Sigue las señales para vuelos de conexión hacia la puerta correspondiente, eso te llevará al control de pasaportes y seguridad, y luego a tu puerta de embarque.
En Zúrich haz lo mismo, pero no habrá control de pasaportes, solo seguridad.
Es posible que no tengas que pasar por seguridad nuevamente en uno o ambos aeropuertos, pero las reglas son complejas y cambian constantemente, así que no intentaré adivinar si será el caso o no.
Si no tienes todas las tarjetas de embarque (poco probable en este caso), puedes usar quioscos o mostradores de traslado en algún lugar a lo largo de la ruta de conexión para obtenerlas.
Si tuvieras equipaje facturado, se verificaría hasta tu destino final, por lo que no cambiaría nada para ti en los aeropuertos de conexión, de todas formas no lo verías antes de Valencia.
Si por alguna razón tu equipaje de mano es puesto en la bodega (demasiado grande, no hay más espacio…) asegúrate de que esté etiquetado correctamente hacia tu destino final, lo recuperarás allí.