Como comentó @tor-einar-jarnbjo, esto se suele hacer en servicios de larga duración que no van directamente a su destino final, sino que dan un gran rodeo. De hecho, hay trenes que básicamente dan una vuelta completa por Alemania en 12 horas.
La idea principal detrás de esto es que puede resultar confuso nombrar el destino final. El destino nombrado será uno que esté a una distancia aproximada de lo que el viajero habitual recorrerá en este tren. Utilizando el ejemplo de la pregunta, Hamburgo-Múnich vía Berlín, que se etiqueta como yendo a Erfurt en Hamburgo. Erfurt es aproximadamente la última parada donde esta es la conexión más rápida. Para más paradas, el tren más directo es la opción más rápida.
Pero, como señaló @strangertokindness, actualmente esto solo se usa en la aplicación del planificador de viajes y en la página web. Los letreros en las plataformas y en los trenes suelen mostrar la ruta real y el destino final. Tal como está ahora, creo que resulta bastante confuso y no es una gran idea. A simple vista, puedes pensar que necesitas cambiar de tren, y más tarde no encontrarás un tren que coincida con la descripción en la plataforma. Sería mejor reemplazar "a Erfurt" por "vía Erfurt" para dejar claro que este no es un tren directo.