Sello de entrada denegada (c) París, ¿causará problemas?
Se te negó la entrada al Espacio Schengen porque no tenías una visa válida o un permiso de residencia después de que te negaran la entrada a México.
Para las autoridades de Schengen, esto no es más que el regreso de un nacional de un tercer país (que requiere una visa para ingresar al Espacio Schengen) a su país de origen.
Si hubieras tenido, después de la negación de entrada a México, un boleto de avión de vuelta a tu país de origen (comprensiblemente poco probable), entonces no habría sido necesario pasar por un control de pasaportes de Schengen en absoluto.
Sin embargo, Francia requiere una visa de tránsito aeroportuario para ciudadanos indios:
De esta manera (aparte de la inconveniencia de conseguir un boleto a tu país de origen desde la zona de tránsito del aeropuerto) se te permitió regresar a tu país de origen.
Para una futura solicitud de visa Schengen, esto no debería ser un problema. Según lo que has escrito, no hubo ningún intento engañoso de ingresar al área de Schengen.
Puede ser sabio mencionar, en la primera solicitud, que se produjo una denegación de entrada.
Fuentes: