Podría decir que encuentro algunas respuestas aquí un tanto confusas
Hechos,
(1) Te MARCARÁN como 90 días. Fin de la historia.
Si (desde Canadá) fueras (de alguna manera) marcado como 31 días o 13 días o 40 días o algún número que no sea 90, significaría alguna intervención y eventos totalmente drásticos, habrías sido interrogado durante horas, sospechan que eres un traficante de drogas con TDAH, eres un conocido criminal internacional, o lo que sea.
Tu serás marcado como 90 días.
(2) Nunca, jamás, JAMÁS me han preguntado "cuánto tiempo me quedaré"
... al entrar en Japón. Y nunca he sabido de nadie a quien le hayan preguntado eso al entrar en Japón (como turista de países de la lista normal).
(3) Si, notablemente, el oficial pregunta cuánto tiempo te quedarás (quizás solo mientras charla contigo), obviamente di "bueno 30 días pero espero quedarme más tiempo".
Para responder a tu pregunta específica,
¿Causará problemas quedarse más tiempo [que mi sello]?
Tu sello de entrada dirá 90 días. (Como se discutió anteriormente.)
CORRECTO, definitivamente NO puedes quedarte más tiempo que ese sello. (es decir, no puedes quedarte más de 90 días.)
Si lo haces, tendrás problemas. No te excedas de los 90 días.
Nota que también preguntas "¿Causará problemas quedarse más 'del planeado'? "
Esa pregunta no tiene sentido, nadie sabe ni le importa tus planes. (¡Nunca tuve un "plan" al ir a Japón - ¡o a cualquier lugar! ¡Ja! Simplemente voy, hago lo que quiero, y me aseguro de irme antes de la fecha del sello).
Puede que te preguntes qué sucede si cambias tu billete de avión. La respuesta es nada, a nadie le importa o sabe. ¡Solo asegúrate absolutamente de irte antes del límite de los 90 días! ¡Disfruta!