Viajando con dos pasaportes, ambos son válidos del mismo país

Esa es una situación un poco inusual: típicamente tu pasaporte antiguo se invalida tan pronto como recibes uno nuevo. Por supuesto, hay excepciones, así que sería útil entender si realmente tienes una excepción y qué condiciones (si las hay) están asociadas a ella.

Suponiendo que todo esté correcto y que ambos pasaportes estén válidos, entonces:

¿Puedo usar mi pasaporte antiguo para obtener el sello de salida de las autoridades de inmigración en China ya que tiene la visa y el sello de entrada de China?

Sí.

... pregunta sobre mi próximo destino, ¿me traerá problemas si muestro mi nuevo pasaporte cuando mencione que voy a Malasia?

Eso no es asunto de ellos. No preguntarán y no hay necesidad de decirles. Su trabajo es manejar la salida de China. Lo que suceda luego no les concierne.

¿Puedo usar mi nuevo pasaporte cuando llegue a Malasia para obtener la visa a la llegada?

Sí.

¿Tendré problemas al obtener el sello de salida en el pasaporte antiguo y el sello de entrada en el nuevo pasaporte cuando llegue a Malasia?

No. Estos son eventos completamente independientes y es perfectamente válido cambiar de pasaporte entre la salida de A y la entrada a B. Esto es bastante común, por ejemplo, para ciudadanos con doble nacionalidad.

¿El oficial de inmigración de Malasia requerirá el sello de salida en el nuevo pasaporte?

No. Se aplican reglas similares. Su trabajo es manejar la entrada a Malasia. Tu salida del país anterior no les concierne.

No me importa presentar ambos pasaportes

No es necesario presentar ambos pasaportes a nadie. Usa el pasaporte antiguo al tratar con China, usa el nuevo con Malasia.

También usaré mi nuevo pasaporte para reservar mis boletos a Malasia y para obtener la tarjeta de embarque,

Realmente no importa mucho qué pasaporte uses al reservar. Sin embargo, DEBES usar el mismo pasaporte durante el check-in con la aerolínea que deseas usar para entrar al país de destino. Probablemente sea una buena idea informar al personal de la aerolínea que estás saliendo de China con un pasaporte diferente. En algunos casos, pueden compartir la lista de pasajeros con el país de salida también.

Puedo obtener una visa de turista a la llegada por 90 días, ya que cumplo con los requisitos para ello.

No. Estás obteniendo una exención de visa.

Estoy más o menos en la misma situación que tú, ya que tengo 2 pasaportes del mismo país. La regla general es que uses el mismo pasaporte para entrar y salir de un país.

La inmigración de China no se preocupa adónde vas y no preguntará por otro pasaporte. Probablemente la aerolínea sí lo haga, ya que tu primer pasaporte no es válido para tu viaje a Malasia. Tendrás que presentar ambos para obtener tu pase de abordar.

En Malasia, cuando presentes tu segundo pasaporte vacío, como mencionaste que nunca lo usaste, es probable que el oficial pregunte por un sello de salida de China. Tendrás que presentar tu primer pasaporte.

Al salir de Malasia, nuevamente tendrás que presentar ambos pasaportes al personal de la aerolínea, ya que necesitarán ver una visa china.

Finalmente, al pasar por la inmigración china, es posible que tengas que presentar ambos pasaportes nuevamente, si el oficial nota que no hay sello de Malasia, pero a veces parece que no les importa.

Nota: no olvides presentar tu MDAC antes de la salida.