Si su autobús está sujeto a un control fronterizo interno (ya sea notificado oficialmente o no), el autobús se detendrá al menos el tiempo suficiente para que todos aquellos que no tengan problemas de inmigración sean revisados y (si las revisiones ocurren fuera del autobús) vuelvan a subir al autobús. Si alguien es sacado del autobús debido a problemas de inmigración, debería haber una demora adicional para asegurarse de que recuperen todo su equipaje del vehículo.
Como visitante a corto plazo con una visa tipo C válida, casi con certeza estaría en el grupo de "sin problemas de inmigración". Si no lo estás, sería por alguna razón excepcional como dudas sobre la autenticidad de la visa o sospechas de que fue obtenida bajo falsas pretensiones. Otra posibilidad sería la sospecha generalizada de que estás involucrado en algo ilegal que no está relacionado con la inmigración (drogas, terrorismo). La mayoría de las personas no tienen que lidiar con sospechas de esa naturaleza, por supuesto, pero hay varios factores que podrían hacerlo más probable; estos están más allá del alcance de su pregunta, pero los menciono en nombre de la exhaustividad.
Como se señaló en la otra respuesta, la probabilidad de que esto suceda en esta dirección es casi cero. Si regresa en autobús, la probabilidad es mucho mayor. Pasé por Zagreb, Liubliana y Venecia hace dos días, y hubo controles fronterizos en ambas fronteras, y había un par de autobuses detenidos en la frontera entre Croacia y Eslovenia (no recuerdo haber visto ninguno de Eslovenia a Italia, pero la demora para el tráfico de automóviles fue menor, así que tuve menos tiempo para mirar).
Cuando pasé por Venecia y Trieste hacia Istria hace tres semanas, no estaba sucediendo nada en las fronteras en absoluto. No noté ningún control para el tráfico en la otra dirección, pero puedes ver en las indicaciones de tráfico en tu servicio de mapas favorito que el tráfico se mueve muy lentamente en una dirección y rápidamente en la otra.
