El tratado internacional que rige la emisión de este tipo de PID (la Convención de Ginebra de 1949) no requiere que el documento esté en japonés. Su PID potencialmente no cumple con ese tratado si no hay otro lado en el documento que mostraste aquí porque el tratado requiere, entre otras cosas, algún texto en árabe, chino, inglés, ruso, español y francés, con el francés al final; pero ni siquiera esto es necesario para las "inscripciones" en la página con tus datos personales donde cualquier idioma basado en el alfabeto latino (como el inglés) servirá.
En mi país, el formulario de solicitud me pregunta sobre los países que tengo la intención de visitar. Si respondo "Islandia" pero no menciono Japón, recibo un PID en forma de librito en unos 10 idiomas que incluyen islandés pero excluyen japonés. Y viceversa; los idiomas se adaptan al destino. El PID resultante es igualmente válido en Islandia y Japón de cualquier manera, simplemente quizás no tan conveniente.
Para los PID emitidos en Australia, el conjunto de 9 idiomas es fijo y siempre incluye el japonés.
El AAA (en los EE. UU.) emite el PID en un conjunto fijo de 10 u 11 idiomas, y algunas fuentes enumeran los idiomas específicamente sin mencionar el japonés. (Así que quizás el japonés se agregó o se eliminó en algún momento). Puedes estar seguro de que ha habido muchos turistas estadounidenses conduciendo en Japón sin ningún problema desde que entró en vigor la Convención de Ginebra de 1949 sobre la emisión de PID.
Este último ejemplo que no incluye japonés en el PID es, en tu situación, algo comparable a tu formulario 4A de la India que no te permite especificar tu país de destino y te emiten un PID en idiomas que no incluyen japonés, aunque mantenerlo solo en inglés es admitir que se está estirando aún más las reglas establecidas.
Todo lo que necesitas hacer es encontrar una empresa de alquiler de coches en Tokio que entienda el inglés escrito y eso no será insuperable. De todos modos, querrás reservar tu alquiler de coche con anticipación, así que asegúrate de aclarar este punto con la agencia específica antes de pagar cualquier cosa.
En última instancia, la agencia de alquiler de coches no está obligada a verificar tu permiso de conducir en ningún grado específico. Todo lo que necesitan saber es que su coche estará seguro en manos de su cliente. Cada agencia de alquiler de coches tiene un papeleo ligeramente diferente preparado para que confirmes justo eso.
Recuerda que el PID siempre se utiliza junto con tu licencia de conducir local (de la India). El documento que eventualmente se acepta (o se rechaza) como tu permiso para conducir en Japón es la licencia local, y el PID es solo auxiliar.
Como la respuesta de littleadv ya mencionó, tal vez el mayor error de tu emisor es que marcaron las clases de vehículos que se te permite conducir de manera no conforme, creando otro obstáculo a la comprensión. Sin embargo, si esto es todo lo que te dio tu autoridad local, no haces nada malo si usas el documento para su propósito previsto.
Conduce con seguridad y diviértete.