Visa Schengen emitida por Alemania - ¿Está bien hacer una escala en Viena antes de dirigirse a Berlín?

Tú escribes:

He leído que se supone que debes ingresar al área Schengen a través del país que emitió tu visa o es tu destino principal.

No estoy seguro de dónde leíste eso, pero es incorrecto. Puedes ingresar al Área Schengen donde quieras. Considera el caso de las personas que viajan por transporte terrestre (tren, autobús, coche...): evidentemente no podrán ingresar directamente a un país Schengen que no tenga una frontera externa en la dirección de la que vienes (por ejemplo, alguien que viene de Turquía y viaja a Alemania, tendrá que pasar por varios otros países Schengen en el camino).

Lo importante es que realmente visites el país que emitió la visa y que siga siendo tu destino principal (en número de días, aunque la ley diga lo contrario). Algunos países (principalmente países del Este de Europa) parecen ser muy estrictos en que te quedes en su país el número de días que dijiste en tu solicitud y monitorean cancelaciones/cambios de hotel, pero no creo que eso se aplique a Alemania, y tampoco se aplica a tus planes de viaje actuales.

Los guardias fronterizos pueden hacer preguntas, pero simplemente mostrar tu boleto a Alemania (o tu pase de abordar que probablemente tendrás en ese momento) debería ser suficiente para este tema. Por supuesto, hay otras reglas que cumplir y preguntas y pruebas que coincidir, pero el punto de entrada no es un problema.