Doble ciudadanía con USA y Sudáfrica y salió de Sudáfrica con el pasaporte equivocado (de USA). ¿Qué pasaporte debo usar para volver a entrar en Sudáfrica?

El pasaporte sudafricano. No se le puede negar la entrada con ese pasaporte.

El hecho de que haya salido con otro pasaporte es irrelevante y no es un problema para su reingreso. Probablemente tampoco fue un problema para su salida, de lo contrario habrían dicho algo al respecto.