Primero, recuerda que la aduana es para bienes. Los controles de pasaportes y visas suelen llamarse control de pasaportes o inmigración.
Siempre tienes que pasar por control de pasaportes en EE. UU., y creo que hay algunos otros países que también lo hacen: no existe tránsito estéril en la zona de aeropuertos, todos tienen que pasar por control de pasaportes, recoger el equipaje, pasar por aduana y dejar el equipaje para el próximo vuelo, incluso si hace escala.
También sucede en algunos aeropuertos que no tienen tránsito estéril (normalmente aeropuertos más pequeños, pero esto incluye aeropuertos bastante concurridos como Luton en Londres, por ejemplo, y algunos otros aeropuertos utilizados principalmente por LCC). Pero en esos casos, las aerolíneas generalmente no te venden vuelos de conexión a través de esos aeropuertos (por lo que son auto-traslados).
Por supuesto, si tienes un auto-traslado y equipaje registrado, también necesitarás pasar por control de pasaportes para recuperar tu equipaje y luego ir a salidas para hacer el check-in.
Si tienes múltiples conexiones dentro del mismo país (o grupo de países como el área Schengen), también es un requisito pasar por control de pasaportes en el primer aeropuerto del país/zona y luego por control de pasaportes de salida en el último.
Esto también se aplica cuando tu aeropuerto de llegada o salida está en el mismo país/zona que el aeropuerto de conexión (y el otro extremo del itinerario no lo está). Por ejemplo, si vuelas JFK-FRA-ZRH pasarás por controles en FRA, no en ZRH (al menos en teoría, podrías estar sujeto a controles adicionales en ZRH incluso si llegas de otro país del área Schengen).
Lo mismo si tienes que cambiar de aeropuerto. A veces también si tienes que cambiar de terminales (dependiendo de la combinación exacta de terminales en algunos lugares).
En algunos aeropuertos, algunos pasajeros en tránsito pueden también estar aislados (justo en la puerta) y se les retira el pasaporte durante los tránsitos internacionales. También puede haber controles para asegurarse de que tengan una visa de tránsito en la zona de aeropuertos justo en la puerta, en situaciones que así lo requieran.
También está el caso de pre-inspección de EE. UU.: si vuelas a EE. UU. a través de un aeropuerto con pre-inspección, pasarás por control de pasaportes (de EE. UU.) en ese punto (pero luego llegarás a EE. UU. como un vuelo nacional sin controles allí).
Sin los detalles del itinerario (países de origen y destino, todos los aeropuertos de conexión, las aerolíneas involucradas y si se trata de una conexión real o un auto-traslado) es difícil decir si esto fue perfectamente normal o si algo salió mal, pero sospecho lo primero en lugar de lo segundo. Y si es así, entonces no hay motivo para quejarse.