Actualmente un caso límite
(1) Como otros han dicho, tu boleto no es válido en el EC379 desde Hauptbahnhof hasta Südkreuz. A nadie le importará: este es un viaje de cinco minutos, y es bastante improbable que te encuentres con un revisor que esté de servicio pero no ocupado con otra cosa (como responder preguntas desesperadas, decir a la gente dónde no guardar sus bolsas, etc). Puedes querer arriesgarte a la aventura de estos cinco minutos.
(2) Para el transporte regional dentro de Berlín, el texto exacto del punto de partida tal como está escrito en tu boleto sí importa. (Pero prepárate para el personal ferroviario/S-Bahn/BVG que no conoce o entiende el significado preciso de estos detalles que cambian constantemente emitidos por DB Fernverkehr, que no es su empleador).
El punto clave es si tienes un City-Ticket incluido. Un boleto desde "Berlin Südkreuz + City" (o "BERLIN + City" en los buenos viejos tiempos, ver respuesta de @Inconspicuousseagull) debería ser válido para un solo viaje en RE/RB/S/U/tranvía desde cualquier lugar dentro de Berlín AB a la estación de Südkreuz; un boleto que mencione, por ejemplo, "Von [es decir, desde] Berlin Schönhauser Allee" permitiría solo un viaje directo desde esa estación precisa. No estoy seguro de cuál venden como Super-Sparpreis en estos días...
Aun así, no creo que tu boleto sea "desde Berlin Prenzlauer Berg" – simplemente porque no hay ninguna estación (o parada) con ese nombre (y el distrito llamado Prenzlauer Berg perdió su estatus oficial y parlamento local en 2001, solo queda cierta fama). Así que tenemos que saber qué más tienes. (¿No compraste un boleto desde Prenzlau por error, ¿verdad?)
Recuerda que tu boleto puede contener una información extra de horarios (mencionando que "este no es un boleto"). Si "Berlin Prenzlauer Allee" aparece solo en esa sección de horarios (y no en el boleto real), entonces estás bien.
(3) Supongamos que realmente tienes un boleto desde "Berlin Prenzlauer Allee" (o cualquier otra estación en el vecindario de Prenzlauer Berg). Si es así, solo tienes derecho a un viaje directo desde ese punto de partida; sin embargo, en la densa red ferroviaria de Berlín a menudo tienes más de una opción de ruta.
En tiempos de horario normal, una de tus opciones razonables sería tomar el S-Bahn a Gesundbrunnen, y luego algún tren regional (RE3, RE5, ...) a Südkreuz, pasando por Hauptbahnhof. (No es un desvío, y nominalmente tan rápido como el Ringbahn, aunque menos frecuente/fiable). Por lo tanto, tomar un tren regional desde Hbf a Südkreuz seguramente estaría cubierto por tu boleto.
Desafortunadamente, el servicio regional desde Gesundbrunnen a Hauptbahnhof está temporalmente suspendido por trabajos de construcción hasta 13-12-2024 (mientras que Hbf a Südkreuz todavía está en funcionamiento). Así que si haces tu viaje en estas dos semanas próximas, puedes tomar el RE3 / RE4 en dirección sur desde Hauptbahnhof, pero podrías tener problemas para explicar cómo llegaste allí (si alguien se toma el tiempo de verificar tu itinerario sobre la marcha, y se atreve a preguntar).
Nuevamente, muy improbable ya que este es un viaje de siete u ocho minutos (tan poco tiempo para discutir), y los trenes regionales en Berlín tienden a estar llenos (podría preocuparme más de bajarme en la estación correcta).