No está claro si has reservado un viaje de ida y vuelta o de ida. Si viaja de ida no hay ningún problema.
Si tiene que facturar su maleta en la puerta de embarque, se la devolverán a la salida de la puerta o del avión en Viena.
Normalmente todos los pasajeros son llevados en autobús a la terminal o el desembarco se realiza por el puente móvil, cada uno puede dirigirse a su puerta de conexión o a la salida por su cuenta. No tengo conocimiento de que se traslade a los pasajeros directamente a los vuelos de conexión, pero, en cualquier caso, basta con informar al personal de que el aeropuerto de Viena es un aeropuerto, no una cárcel, y que se puede salir si no hay problemas con inmigración (ya que se viene del espacio Schengen). Sería educado decir al personal a la llegada que no vas a utilizar tu segundo tramo para que no acaben esperando el avión a que aparezcas.
Si te preocupa la posibilidad de utilizar el billete de vuelta hay más riesgo de que puedas hacerlo, el verano pasado estuve en la misma situación con Austrian Airlines: Tenía un billete no reembolsable ORD-VIE-BUD, BUD-VIE-ORD pero los planes cambiaron y tuve que ir a Viena en lugar de a Budapest. Al llegar, pudieron modificar mi billete y cancelar las partes de conexión VIE-BUD y BUD-VIE, por lo que acabé volando sólo ORD-VIE y regresando VIE-ORD. La aerolínea no estaba obligada a hacer esto por mí, así que me considero muy afortunado de que hayan sido complacientes.
Por otra parte, incluso con una tarifa de descuento, los impuestos y las tasas (que probablemente fueron una parte importante de lo que pagó) son reembolsables según Austrian Airlines :
Del mismo modo, todos los impuestos, tasas y cargos del transportista cobrados con la tarifa y que figuran en el billete son reembolsables si no se utiliza el cupón. Esta norma también se aplica a los billetes no reembolsables.
Tal vez la opción más económica sea cancelar el vuelo, reembolsar las tasas y reservar un billete en una de las compañías de autobuses lanzadera o en el tren RailJet entre Budapest y Viena, cuyos billetes cuestan entre 12 y 20 euros, y la duración del viaje es de 3 a 4 horas, lo que no es tan largo si se tiene en cuenta el tiempo de tránsito hacia y desde los aeropuertos de cada extremo.